在建站的过程中,我们经常会面临选择域名的问题,例如，phpclubs为不同的内容分类使用子域名，例如blog.phpclubs.com或down.phpclubs.com,其实www.phpclubs.com也是二级域名,购买域名的费用虽然并不高,单是比起二级域名还是有所浪费。
搜索引擎一般会把二级域名当作一个独立的站点来看待，也就是说：www.phpclubs.com和down.phpclubs.com 是两个互相独立的网站。前者的主题内容可能是广泛的(譬如上面的例子，网站可能就是讨论IT的，下载 只是其中的一个频道)而后者的主题内容是集中于某一个点上(下载资源)，当然，也许还有blog.phpclubs.com等等。这些二级域名是相互独立的，每个级域名的话题自然也不同。如果你是一个大型站点，如慧聪网,内容涉及IT、娱乐、生活、汽车、美容等等多个范畴，采用二级域名是完全合理的。
二级域名和主域名是两个完全不同的网站
对于这种情况，你在需推广你的两个网站的时候，所有的网络营销工作都要独立做，网站PR值、信任度都会是分开的。相互影响不是很大
当然这只是就搜索引擎排名而言。在很多时候出于其他考虑，也不得不使用二级域名。不如用户习惯了bbs.free-ok.com，而如果你采用www.free-ok.com/bbs会造成用户不容易记忆与接受，再比如说公司的产品线比较多，而且产品线之间的差异性比较大，那么不同的产品系列可以用不同的二级域名(就像新浪涉及娱乐、IT、体育等多个层次多个方面，每个频道采用不同的二级域名)。
对于收录情况来看 建站早期二级域名收录速度会稍微慢一点，独立顶级域名会快些。慢慢的这种情况会发生改变，主要就你的优化程度了(内容质量、外链情况等等)
文章来源：http://blog.phpclubs.com/?p=625