配置apache运行cgi程序可分为两种情况，1是ScriptAlias目录的CGI，2是ScriptAlias之外目录的CGI。
ScriptAlias指令使Apache允许履行1个特定目录中的CGI程序。当客户端要求此特定目录中的资源时，Apache假定其中文件都是CGI程序并试图运行。
ScriptAlias指令形如：
由于安全缘由，CGI程序通常被限制在ScriptAlias指定的目录中，如此，管理员就能够严格地控制谁可使用CGI程序。但是，如果采取了恰当的安全方法措施，则没有理由不允许其他目录中的CGI程序运行。比如，你可能希望用户在UserDir指定的宿主目录中寄存页面，而他们有自己的CGI程序，但无权存取cgi-bin目录，这样，就产生了运行其他目录中CGI程序的需求。
1、用Options显式地允许CGI的履行
可以在主服务器配置文件中，使用Options指令显式地允许特定目录中CGI的履行：
上述指令使Apache允许CGI文件的履行。另外，还必须告知服务器哪些文件是CGI文件。下面的AddHandler指令告知服务器所有带有cgi或pl后缀的文件是CGI程序：
2、.htaccess文件
.htaccess文件是针对目录进行配置的1种方法。Apache在提供1个资源时，会在此资源所在目录中寻觅.htaccess文件，如果有，则使其中的指令生效。AllowOverride 指令决定了.htaccess文件是不是有效，它指定了哪些指令可以出现在其中，或根本不允许使用。为此，需要在主服务器配置中如此配置：
在.htaccess文件中，需要如此配置：
以使Apache允许此目录中CGI程序的履行。
最后可以编写1个cgi程序测试，如：